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默认平舆县疾病预防控制中心承担着全县疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、儿童规划免疫实施与管理、监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务等多项公共卫生职能，也是全县疾病预防控制技术服务培训指导中心。中心设有免疫规划科、地方病防治科、艾滋病防治科、慢性病防治科、流行病防治科、卫生科、健康教育科、预防接种门诊、检验科、体检中心、眼视光中心等12个业务科室，共有干部职工91人。
该中心拥有检测所需的各类仪器设备，如气相色谱仪、原子吸收分光光度计、双道原子荧光、离子色谱、紫外分光光度计、样品粉碎机、微波消解仪等，具备承担有关检测检验任务的能力。
该中心始终坚持为人民健康服务的宗旨，坚持预防为主方针，以疾病预防控制为中心，不断加强卫生监测检验、规划免疫、鼠疫和地方病防治及疫情信息管理网络建设，全方位、多层次开展疾病预防工作，取得了显著成绩。